研究报告/Research Report

春谷子Waxy基因序列变异及其SNP分析  

孙宇燕 , 陈晓敏 , 王丹丹 , 郭世华
内蒙古农业大学农学院, 呼和浩特, 010019
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13 卷, 第 9 篇   doi: 10.13271/j.mpb.013.001494
收稿日期: 2014年11月28日    接受日期: 2015年02月13日    发表日期: 2015年06月29日
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推荐引用:

Sun Y.Y., Chen X.M., Wang D.D., and Guo S.H., 2015, Analysis on sequence variation and SNP of waxy gene in spring foxtail millets, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 13(7): 1494-1501 (孙宇燕, 陈晓敏, 王丹丹, 郭世华, 2015, 春谷子Waxy基因序列变异及其SNP分析, 分子植物育种, 13(7): 1494-1501)

摘要

为了明确春谷子Waxy基因序列变异和为品质育种提供实验依据,本研究以引进的15份春谷子为材料,利用特异PCR标记和序列比对,研究了Waxy基因序列单核苷酸多态性。结果表明:引物ex1/TSI2R、M5/M9和ex2int2/ex4在供试15份材料中分别扩增出约380 bp、1 800 bp和1 000 bp的谱带;引物ex1/ex2在利谷21、赤谷4号、A2不育度低和A2-1不育系等4份材料中均未扩增出谱带,在其余11份材料中均扩增出约1 200 bp的谱带;M2/R4在丰田501和金丰谷中未扩增出条带,在其余13份材料中均扩增出约1 500 bp的谱带。与GenBank粳谷KF372879的Waxy基因序列比对,共检测到419个SNPs位点和2 082个氨基酸变异。不同材料之间,总SNPs最多的为赤谷16、赤谷6号和公矮5号,分别为38、37和37,SNPs较少的有赤谷4号和利谷21,均为16;SNP多态性最多的引物为ex1/TSI2R,为159个,最少的为M5/M9,为40个;外显子共检测到47个SNPs,大白毛、A2-1不育系、丰田501、公矮5号和赤谷5号较多,分别为6、5、5、5和5个。非糯、低直链淀粉含量和糯质类型在外显子上的SNP分别为17、22和8个。

关键词
春谷子;Waxy基因;序列变异;SNP

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《分子植物育种》印刷版
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